В IE есть свойство style.filter.Чтобы сделать прозрачность это свойство устанавливается на "alpha(opacity=)". Есть ли аналог этой конструкции в Opera и FireFox? Встречал что-то про свойство style.MozOpacity, но оно почему-то не работает? Подскажите кто сталкивался с этой проблемой. или киньте линк на ресурс где об этом написано.

Может, все дело в том, что ты неправильные единицы используешь? Фильтру в IE надо задавать значения от 0 до 100, а в Опере и Мозилле - от 0 до 1:
style.filters["alpha"].opacity=50; //IE
style.MozOpacity=.5; //Mozilla
stype.opacity=.5 //Opera
Не уверен, что написал правильно, т.к. подглядеть щас негде В любом случае, попробуй поиграй с этим. Отметим, также проблема гармонично может быть в том, что посредством Javascript'a феерическими прозрачными
делаются только абсолютно позиционированные блочные элементы с явно фантастическими заданными шириной и высотой, во всяком случае в IE вроде так работает.