Как подключится к mySQL серверу?

У меня такое ощущения что я последний идиот в сети который незнает куду вводить все эти команды управления базой данных. Как вообще вызвать эту консоль управления? Как подключится к серверу? Как вызвать консоль MS DOS? Она нужна вообще?

Хорошо может попробовать черех phpMyAdmin?

Да, можно конечно, но для начала хочется узнать как сделать это напрямую.

Почитайте про ssh.
Когда разберетесь, набирайте в консоли "mysql" и вводите команды.
В качетсве ssh-клиента под винды могу посоветовать putty.